Shiba Inu köpekleri, kökeni en uzun süreleri olan köpeklerden biridir ve bilinen köpek cinsleri arasındadır. Yapılan araştırmalara göre, kökeni 2.000 yıl öncesine dayanmaktadır ve köpeğin Çin'den Japonya'ya geldiği belirtilmektedir. Chow Chow ve Kyushu kanları ile eski Asya ırkı köpekleri arasında yer alır. Shiba Inu, Japon Spitz ırkları arasındaki en küçük köpektir ve çevikliği ile tanınır. Araştırmalara göre, birçok Japon Spitz köpeğinin soyu tükendiğinden, bu ırkın dünyada yaygın olarak beslenen tek köpek türü olduğu söylenebilir.